Aparece desde 1.274 en la primera división por parroquias de Badajoz. Inicialmente se ubicaba en la Plaza de Cervantes. Allí estuvo hasta 1.834 y 8 años después se instaló en el vecino convento “Madre de Dios de Valverde” del siglo XVI. El edificio actual es fruto de importantes reformas del siglo XIX. El retablo de San Sebastián de este tiempo se atribuye a Morales.